先頭の「屋根」の設定画面の右下の挿絵にある「屋上バルコニー」が１階の上にのっていると考えてください。
「屋上水平断熱部」のリストの１階の「断熱オフセット値」に、１階の軒高さから断熱層の外側までの距離（正負あり）を入力してください。