燃費の計算だけを目的とする場合、連装窓の入力について、特別な手順は不要です。
横連窓の場合、サッシを本来のサイズのまま、横に並べて配置してください。
縦連窓の場合、高さを変えて、同じ場所に重ねて配置してください。
組み合わせサッシ（FIX＋横辷り出しなど）は、類似すると思われる性能の別のサッシ１個として入力してください。
下記の資料をご確認ください。

参照ファイル：【燃費ナビ】連窓の入力と燃費計算.xls